位于东京．八丈岛近海的海洋设施「太平洋浮标」，其建造目的在连结全球警察的监控镜头。 因应正式营运，为了连上欧洲的警察组织．欧洲刑警组织管辖的网路，世界各国的工程师纷纷齐聚一堂。某项运用人脸识别系统的「新技术」也在那裡进行测试——。 另一方面，柯南等少年侦探团一行人受园子之邀前往八丈岛赏鲸。然而随后却接到了冲矢昴（赤井秀一）的电话，告知他欧洲刑警组织的职员在德国惨遭琴酒杀害。感到不安的柯南，躲进前往「太平洋浮标」警戒的黑田兵卫等警视厅相关人员搭乘的警备艇，潜入设施内。岂料，在为了系统运作而逐步进行准备的设施内，竟发生一名女性工程师被黑暗组织绑架的案件……！更糟的是，她持有的存放了某个情报的USB随身碟也落入组织手中……。 海中响起令人发毛的螺旋桨声。而黑影也正悄悄接近投宿在八丈岛上的灰原……