位於東京．八丈島近海的海洋設施「太平洋浮標」，其建造目的在連結全球警察的監控鏡頭。 因應正式營運，為了連上歐洲的警察組織．歐洲刑警組織管轄的網路，世界各國的工程師紛紛齊聚一堂。某項運用人臉識別系統的「新技術」也在那裡進行測試——。 另一方面，柯南等少年偵探團一行人受園子之邀前往八丈島賞鯨。然而隨後卻接到了沖矢昴（赤井秀一）的電話，告知他歐洲刑警組織的職員在德國慘遭琴酒殺害。感到不安的柯南，躲進前往「太平洋浮標」警戒的黑田兵衛等警視廳相關人員搭乘的警備艇，潛入設施內。豈料，在為了系統運作而逐步進行準備的設施內，竟發生一名女性工程師被黑暗組織綁架的案件……！更糟的是，她持有的存放了某個情報的USB隨身碟也落入組織手中……。 海中響起令人發毛的螺旋槳聲。而黑影也正悄悄接近投宿在八丈島上的灰原……