年初一子夜上頭炷香祈福，是每年農曆新年的大事。嗇色園黃大仙祠會作新春參拜安排，將於年三十晚上9時開放，予公眾入內等候上頭炷香，當日亦會通宵開放。此外，初一至十六期間會延長開放時間。 善信當晚可以家庭為單位，帶同9枝線香於祠內三個上香點敬奉，包括大殿平台、三聖堂及盂香亭。為顧及公眾安全，祠內會實施單向人潮管制措施及單向參神路線；當晚不會設有跪拜區、求籤區及供品供奉區，故信眾請勿帶同元寶蠟燭、生油、大型香枝及供品入內。 初一至初四延長開放時間，由過往下午5時延至晚上6時半關閉。而從初五至十六，開放時間則為上午7時至下午6時。